総武緩行線では209系500番代がまず先行投入されており、2001年11月より103系、201系、205系がすべて新型車両に置き換えられ、209系500番代とE231系のみで運転されている。また、常磐線にも2001年11月より投入が開始されている。常磐線用の0番代はラッシュ時の15両編成運転対応させるため、10両の基本編成と、5両の付属編成が存在する。
(提供/高崎・宇都宮線様）
このタイプは2002年1月から山手線に投入が開始された。車内に15インチの案内液晶ディスプレイの設置や片側6ドア車が2両連結されている。また田線区より、駅間が短く、過密ダイヤであることから加速・減速をより効率よくするため、電動車の比率が6M5Tとなっている。尚、0番代は4M6Tである。2005年に205系がすべて置き換えられる予定で、置き換えられた205系は他線区に転属になったものや、前面のデザインを大きく変更された車両もある。
このタイプは0番代や500番代と大きく異なり、近郊型として製造されている。ヘッドライトの位置が運転席上部になり、高輝度放電灯が採用されている。また、衝突事故に備え乗務員室の全長が長くなっており、乗務員や乗客を保護しやすいようになっている。また、車内設備の違いにより、同じ編成内でも1500番代や6000番代、8000番代などの種類がある。このタイプは2000年6月より宇都宮線に投入が開始され、その後順次高崎線にも投入され、これらの線区で標準だった115系が2001年12月に高崎線から、2004年10月に宇都宮線から引退している。また、2004年から東海道本線にもグリーン車を連結した編成が順次投入されており、2005年に113系が東海道本線東京口から引退することになっており、さらに先に投入された高崎・宇都宮線用の編成にも順次グリーン車が組み込まれている。1000番代はJR東日本の標準近郊タイプとなりつつある。
このタイプは地下鉄東西線用に103系と301系を置き換えるために製造された。地下鉄内の車両幅限界が小さいため車体幅が他線区のE231系と比べ150mm小さくなっている。
